shutterというのがよさ気
apt-get install shutter
http://www.xmisao.com/2014/02/07/get-screenshot-on-linux-by-shutter.html
他にxwd使う方法もある
# クリックしたウィンドウ
xwd | convert - hoge.png
xwd -root | convert - desktop.png
http://www.xmisao.com/2013/09/17/linux-xwindow-screenshot.html