gistは普通にgit clone してpushできます
リポジトリが以下のURLだったら
https://gist.github.com/1234567
※非公開リポジトリの場合はもっと長いです
以下のコマンドでCloneできます
git clone git@gist.github.com:1234567
あと知っておくと便利な小技として
以下のようにするとhogefileのみ貼り付けできます
<script src="https://gist.github.com/1234567.js?file=hogefile"></script>