ログアウトの制御は使用しているディスプレイマネージャに依存するみたいです。
Gnomeなら/etc/gdm/PostSession/Default
XDMなら/etc/X11/xdm/Xreset
KDEなら/etc/kde4/kdm/Xreset
WDMなら/etc/X11/wdm/Xreset（ディスプレイ毎に設定なら/etc/X11/wdm/Xreset_0等）
らしい
kdmからなら/etc/kde4/kdm/Xreset→/etc/X11/Xreset→/etc/X11/Xreset.d
と呼ばれているのが分かったので/etc/X11/Xreset.dにスクリプトを置けばOKみたい
あと環境変数$USERでログアウト対象のユーザー名を取得できるらしい
参考リンク
http://superuser.com/questions/65460/create-a-logoff-script-task-for-linux
http://haraita9283.blog98.fc2.com/blog-entry-406.html