バックアップしたシステムディレクトリを丸ごとリストアするには
インストールディスクでboot→レスキューモードを選択（Advanced optionsから選択できます）→「インストール環境内でシェルを実行」
/targetに選択したシステムディレクトリがあります。
fsckとかフォーマットとかやる
/targetに該当のフォルダを展開
/restoresymtableを削除しておわり
ディレクトリを移すときはcp -aを指定することcp -prだけでは不十分ハードリンク処理が不十分なので・・・詳しくはこちら
参考リンク
http://chiji.atnifty.com/server/other/ext3backuprestore.html
http://debian.fam.cx/index.php?install